①黄疸：肝炎一般较轻，黄疸程度有波动性改变，而胆道闭锁则为持续存在，进行性加重。②粪便：胆道闭锁较早出现白陶土色大便且持续时间较长。值得注意的是在病程晚期白陶土样大便也可变淡黄，主要是因为肠液也含有大量胆红素所致。而新生儿肝炎可为间歇性出现的白色大便，可有黄色便。③体征：胆道闭锁者肝硬化、脾肿大多较肝炎者为重。④病程：胆道闭锁多于1岁内死亡，而新生儿肝炎可自愈或好转。当然新生儿肝炎也有发展为完全性胆道闭锁者。
血清胆红素动态观察
病程早期直接胆红素增高，动态观察示持续性升高，病程中晚期可表现间接胆红素也升高，提示肝功有损害。而新生儿肝炎早期即呈双相增高，甚至间接胆红素更高。动态观察时可见胆红素波动较大，并且有时胆红素会下降。
碱性磷酸酶测定
新生儿肝炎很少超过40U，并且持续时间短，可自行下降。而胆道闭锁则可明显升高并且持续存在并加重。
血清甲胎蛋白
α-FP为新生儿肝细胞所制造，生后1-3个月自然消退，肝炎时增殖的肝细胞使血清甲胎蛋白含量增高，故甲胎蛋白的检测常呈阳性。用放射免疫扩散法连续定量测定，高峰大于4mg/dl时，可考虑为新生儿肝炎。胆道闭锁主要为胆管上皮增生，非肝细胞增生，不能合成α-FP，定性试验为阴性或弱阳性，定量测定值较低。两者差别较大。
其他有鉴别意义的辅助检查
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